一是柴油油品超標嚴重。保定市徐水區中國龍禹石油加油站、建元加油站、暢泰加油站、晨達加油站、小仕莊加油站、吉興加油加氣站、遂城順達加油站、保定高新區朝北加油站等8處加油站，均存在未按國家標準要求標識“車用柴油”或“普通柴油”的情況。
二是在線監控造假或不正常運行情況依然存在。天津市耀皮玻璃有限公司在線監控系統“用戶參數修改記錄”中塵度系數被人為修改，經與設備生產廠家聯系，已初步判定該企業涉嫌監測數據造假。廊坊市三河市燕新建材集團有限公司，重污染響應期間仍在開工生產運行，企業負責人稱2015年9月28日至2017年3月16日1#窯停產，在線監控系統在此期間也停止運行，但是檢查人員發現1#窯爐2016年9月和10月的生產記錄臺賬，顯示該窯爐在此期間正常生產，涉嫌在線監控不正常運行，規避監管。
三是部分城市基層政府部門對重污染天氣應急響應工作重視不夠。4月4日環保部通報了唐山市豐潤區京豐水泥廠等三家粉磨站在3日凌晨違規生產，但并未引起唐山市豐潤區重視。督查組于4月5日凌晨再次對豐潤區唐山興唐建材有限公司和唐山燕東水泥股份有限公司粉磨站進行夜查，兩家均在生產;豐南區工信局僅將應急預警信息通知企業，但沒有按預案要求開展現場督導工作;區政府督查室對各部門應急預案執行情況也沒有進行督查;區供電公司對限(減)產、停產企業也未實施限、停電措施。保定市大氣污染防治工作領導小組辦公室4月3日下發緊急通知，要求落實重污染天氣應急響應措施，但大部分縣(市、區)和成員單位都沒有按要求報送督導檢查情況和應急響應措施的落實情況。
四是重污染天氣預警應急預案落實不到位。北京市海淀區西北旺鎮屯佃村寶昌彩色印刷有限公司、北京天宇萬達印刷有限公司，停產措施落實不到位，存在部分生產行為。唐山市裕龍冶金軋輥有限公司、唐山市豐南區特種水泥有限公司、遵化市宏發彈簧廠未按應急預案要求進行停、限產。邢臺市清河縣永昌密封件有限公司4月2—5日預警響應期間，煉膠機、硫化機等停產措施未落實。保定市自4月3日啟動重污染天氣應急響應后，仍有10余臺備案的渣土車在縣(區)道路上行駛，相關單位沒有查處到位。
五是企業環境污染治理不到位。天津市中國石化天津分公司煉油部的8000m3事故池，大量濃黑含油廢水露天儲存，未按照石化行業有關要求，采取密閉和廢氣收集處理措施。唐山市遵化市民宇爆破器材廠兩臺6t/h燃煤鍋爐煙氣治理設施簡陋，煙氣直排;遵化市宏發彈簧廠1.5米煤氣發生爐屬淘汰類，且無任何煙氣治理設施，煙氣直排。邢臺市清河縣清河開發區集中供熱站，作為高架源企業，未納入重污染應急響應名單，SO2、NOx均存在超標排放情況。
此外，督查組在檢查中還發現，各地均存在揚塵管理不到位的問題，如北京市房山區大董村建筑垃圾露天堆放、土堆未苫蓋;海淀區西郊悅居房地產N35、N36定向安置房項目，工地管理不到位，大片裸露地面。廊坊市市政工程在重污染預警期間正在施工作業，工地不時有渣土車穿行,工程未采取防護措施或防護能力不足。
環境保護部已將督查發現的問題第一時間反饋地方政府，責成地方政府立即整改，并限期反饋整改結果。