7月10日至15日，8個督察組陸續進駐上海、福建、海南、重慶、甘肅、青海等6個省(市)和中國五礦集團有限公司、中國化工集團有限公司等兩家中央企業開展督察，時間為期一個月。
截至7月25日，各督察組共收到群眾來電、來信舉報9146件，受理有效舉報7508件，經梳理合并重復舉報，累計向被督察地方和中央企業轉辦6459件;被督察地方和中央企業已完成查處1292件，其中立案處罰263家，罰款1547.86萬元;立案偵查7件，拘留16人;約談黨政領導干部557人，問責57人。
中央生態環境保護督察辦公室有關負責人表示，在下沉(重點)督察階段，各督察組將根據前一階段督察掌握的情況和聚焦的問題線索，深入基層、深入一線、深入企業、深入現場，重點督察地市黨委和政府以及中央企業下屬企業(單位)推進落實生態環境保護工作情況。
一家企業正在排放廢氣
首次將央企納入督察范圍，
督促央企樹立綠色發展理念
污染防治，企業是責任主體。第二輪督察的一個引人注目之處，是將中央企業納入督察范圍。中國五礦集團有限公司、中國化工集團有限公司是第二輪督察首批進駐的兩家央企。
五礦集團主業涉及金屬礦產領域全產業鏈，化工集團是我國最大的化工企業，這兩家央企均有下屬企業曾被督察組點名批評。
復旦大學環境經濟研究中心副主任李志青指出，央企本身就在污染源單位之列，且一般規模較大，生態環境問題具有典型性。將央企納入督察范圍，是從源頭治污的一項有效措施，也是督察堅持問題導向的體現。而且，督促央企樹立綠色發展理念，對其他企業能起到標桿作用。
“以往出現涉及中央企業的生態環境問題時，一些地方不敢管、不愿管。”國務院發展研究中心資源與環境政策研究所副所長常紀文說，“將央企納入督察范圍，有利于理順關系，讓地方敢于監管、敢于作為，有助于督促央企落實環境保護責任。”
央企體量龐大、業務廣泛，如何督察?中央生態環境保護督察辦公室有關負責人表示，督察重點為“兩個聚焦”：在政治上聚焦和在責任主體上聚焦。在督察內容上，聚焦于習近平生態文明思想貫徹落實情況，聚焦于污染防治主體責任落實。
“對中央企業而言，督察將會更多地關注其污染防治主體責任是不是得到很好落實，以及落實新發展理念、推動高質量發展的情況如何。”生態環境部副部長翟青說。
第二輪督察中，第七督察組督察五礦集團。督察組在人員配備上煞費苦心，首次引入生態環境部環境影響評估中心和衛星中心專家作為技術支撐，并參與重點督察，對企業污染點位進行現場檢查。同時，強化衛星遙感、無人機技術的應用，切實提高督察效能。
在下沉督察和重點督察階段，各督察組還將針對突出問題和問題線索開展現場勘察和調查取證，現場抽查群眾信訪舉報問題整改落實情況，隨機回訪當地群眾，并就是否存在采取“一刀切”方式應對督察的情況開展現場檢查。
首次提出實行容錯機制，
為擔當作為的干部撐腰鼓勁
此前在一些地方，出現了環保問責“問責環保”的現象，環保部門不少干部職工受到處分，有的履職盡責者也難以免責。第二輪中央生態環保督察，首次提出實行容錯機制，鼓勵有關干部擔當作為。
7月8日，生態環境部致函第一批督察的6個省(市)和兩家中央企業，要求對在生態環境保護工作中勇于探索、敢于創新，擔當盡責且成效明顯，但因客觀原因沒有達到預期目標的，對自我加壓、嚴格工作目標要求且正確履行職責，但因歷史原因或難以預見因素，導致未完成工作任務或未達到預期效果的，實行容錯機制，鼓勵有關干部擔當作為。
“中央生態環境保護督察的一個重要目標就是壓實責任。為敢于擔當、敢于負責的干部撐腰鼓勁，這本就是中央生態環保督察的應有之義。”生態環境部新聞發言人劉友賓說，這也是為了更好地推動打贏污染防治攻堅戰。一批生態環保領域的黨員干部職工敢擔當、善作為，付出了辛勤勞動，取得了顯著效果，要為他們的創新探索創造良好環境。
今年，針對生態環保領域黨員干部容錯免責的相關規定，在一些地方陸續施行。
1月份，浙江省生態環境廳印發《關于進一步激勵生態環保干部改革創新擔當作為容錯免責的實施意見(試行)》，這是全國首份專門針對環保干部容錯免責的實施意見。4月份，山東省生態環境廳印發《山東省生態環境系統干部履職盡責容錯糾錯實施辦法(試行)》。在兩省規定的具體容錯情形中，攻堅克難、勇于探索、先行先試、大膽創新、自我加壓、主動擔當、大膽履職等，成為界定容錯免責的關鍵詞。